STT Atlas Nusantara telah melakukan kerjasama dengan berbagai lembaga baik pemerintah maupun swasta lingkup dalam negeri untuk mengembangkan kegiatan pendidikan, pengembangan sumberdaya, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat. Kerjasama dan MoU yang telah dilakukan antara lain:
| Instansi/Lembaga | Bentuk Kerjasama |
|---|---|
| TNI Angkatan Laut | Pendidikan, Pelatihan, Penelitian, dan Pengembangan Serta Pengabdian Kepada Masyarakat |
| Pemerintah Kota Malang: Dinas Komunikasi Dan Informatika | Tim Implementasi Oopen Source Software di Lingkungan Kota Malang |
| PPPPTK BOE Malang | Pengembangan Sumber Daya Manusia |
| SEAMEO SEAMOLEC | Pengembangan Pendidikan Jarak Jauh Melalui Pemanfaatan Teknologi Informasi dan Komunikasi |
| PT. Sumber Inti Pangan | Pendidikan dan Pengajaran, Penelitian, dan Pengabdian Masyarakat |
| PT. Festo Indonesia | Pendidikan dan Pengajaran, Penelitian, dan Pengabdian Masyarakat |
| PT. PLN (Persero) Malang | Pendidikan dan Pengajaran, Penelitian, dan Pengabdian Masyarakat |
| PT. Bonet Utama | Pendidikan dan Pengajaran, Penelitian, dan Pengabdian Masyarakat |
| PT. Triteguh Manunggal Sejati (GarudaFood) | Pendidikan dan Pengajaran, Penelitian, dan Pengabdian Masyarakat |
| PT. Nilam Port Terminal Indonesia | Pendidikan dan Pengajaran, Penelitian, dan Pengabdian Masyarakat |
| Perhimpunan Bangun Kemandirian Bangsa | Pengembangan Technopreneurship |
| Persatuan Insinyur Indonesia Jawa Timur | Pendidikan dan Pengajaran, Penelitian, dan Pengabdian Masyarakat |
| Purworejo Medianet | Pengembangan Sumber Daya Manusia |
| Kebumen Medianet | Pengembangan Sumber Daya Manusia |
| Sragen Technopark | Pengembangan Sumber Daya Manusia |
| Magelang Medianet | Pengembangan Sumber Daya Manusia |
| PT. Proxy Indonesia Solution | Pengembangan Sumber Daya Manusia |
| Telematika Edukasi Indonesia | Pengembangan Sumber Daya Manusia |